La AAPA fue fundada en 1912 durante una conferencia celebrada en la ciudad de Nueva York por las autoridades portuarias públicas provenientes de 11 puertos de los Estados Unidos. La reunión fue convocada para intercambiar ideas sobre la gestión portuaria, promover el intercambio de información, elaborar métodos uniformes de administración y eventualmente establecer la organización permanente entre las principales autoridades portuarias.
En los tres años siguientes, los miembros de la Asociación Nacional de Autoridades Portuarias votaron a favor de ampliar la elegibilidad de membrecía a todos los puertos del Hemisferio Occidental, constituyéndose así en la Asociación Americana de Autoridades Portuarias. En 1914, el primer miembro canadiense se incorporó a la AAPA; en 1921 lo hizo el primer puerto latinoamericano (Companhía Docas do Pará, Brasil); y en 1949 hizo lo propio el primer puerto del Caribe.
La Asociación se hizo corporación jurídica el 24 de marzo del 1930. En 1947, la AAPA estableció su sede permanente en Washington, D.C., y en 1949 contrató a su primer director ejecutivo de tiempo completo.
Hasta 1984, la sede de la AAPA permaneció en Washington, D.C., trasladándose luego a su ubicación actual en Alexandria, Virginia.
